不少家长咨询十一学校亦庄分校与十一学校的关系，校方表示和十一本部的关系是分校管理，双方使用的教材也略有差异，一些学校活动是和本校同步的。

2016届小升初特长也是与十一学校本部招收项目一致，也是在本部进行测试，入学测试也和本部完全一致，甚至在考试时间上也是如此。

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